Perwujudan good university governance di Faperta Unsika bertujuan untuk meningkatkan pola tata pamong yang baik. Dalam pelaksanaannya, good university governance didukung oleh lima pilar sistem tata pamong, yaitu: kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil. Kelima pilar ini menjadi landasan dalam tata kelola Fakultas Pertanian Unsika, yang bertujuan untuk mendorong pengelolaan universitas menjadi lebih profesional dan mampu menjamin tercapainya visi, misi, dan tujuan universitas.

Semua sivitas akademika Unsika diharapkan dapat melaksanakan pilar-pilar tata pamong ini sebagai bentuk keseriusan dalam mengemban tanggung jawab sosial universitas terhadap para pemangku kepentingan (stakeholders). Dalam pengelolaan Fakultas Pertanian Unsika, tata pamong, tata kelola, dan kerjasama memerlukan standar-standar yang jelas, tegas, dan terukur.

Standar-standar tersebut perlu dirumuskan dalam standar tata pamong, sistem pengelolaan perguruan tinggi, standar kepemimpinan, standar jaminan mutu, dan standar kerjasama. Implementasinya didukung oleh Satuan Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Unsika melalui Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu (LP3M), serta Gugus Jaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas dan Gugus Kendali Mutu (GKM) di tingkat program studi. Selain itu, proses pengelolaan kerjasama dilakukan melalui usulan langsung dari program studi kepada Wakil Rektor III, melalui fakultas, untuk aspek hubungan masyarakat, kemahasiswaan, lulusan, dan kerjasama.

Struktur organisasi Faperta Unsika terdiri dari Dekan, Senat, Tim Penjaminan Mutu, Gugus Jaminan Mutu (GJM), serta Gugus Kendali Mutu (GKM). Dekan dibantu oleh dua Wakil Dekan, yaitu Wakil Dekan Bidang Akademik dan Wakil Dekan Bidang Keuangan. Di bawah Dekan dan Wakil Dekan terdapat Kepala Bagian Tata Usaha (Kabag TU), Kepala Laboratorium (Ka. Lab), dan dua Program Studi, yaitu Program Studi Agroteknologi dan Program Studi Agribisnis. Kepala Bagian Tata Usaha bertanggung jawab atas beberapa bagian, yaitu bagian Akademik & Keuangan serta bagian Kepegawaian & Umum. Kepala laboratorium fakultas membawahi empat Kepala Laboratorium, yaitu Kepala Laboratorium Ilmu Tanah, Kepala Laboratorium Agronomi, Kepala Laboratorium OPT, dan Kepala Laboratorium Bioteknologi. Selain itu, terdapat dua Koordinator Program Studi (Koorprodi), yaitu Koordinator Program Studi Agroteknologi dan Koordinator Program Studi Agribisnis.